ในปี พ.ศ. 1666 การสิ้นสุดของสมรภูมิซอน มาเมเด ระหว่างกองทัพของอัลฟอนโซ เฮนริเกกับกองทัพของเคานท์เตสเทเรซาแห่งโปรตุเกส ผู้เป็นพระราชมารดาซึ่งปฏิเสธการเป็นรัฐชาติของโปรตุเกสเนื่องด้วยพระนางเป็นพระราชธิดาในสมเด็จพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 6 แห่งคาสตีลและเลออน ผลปรากฏว่า กองทัพของอัลฟอนโซสามารถได้ชัยชนะเหนือกองทัพของพระราชมารดาได้ ซึ่งถือว่าเป็นจุดสิ้นสุดยุคแห่งการปกครองแบบเผด็จการของพระนางเทเรซา อัลฟอนโซ เฮนริเกดำรงพระอิศริยยศเจ้าชายแห่งโปรตุเกสอย่างเป็นทางการ อัลฟอนโซประกาศตั้งตนเป็นกษัตริย์แห่งโปรตุเกสในปีพ.ศ. 1682 ซึ่งถือเป็นจุดเริ่มต้นแห่งราชวงศ์แรกของโปรตุเกส และจากชัยชนะในสมรภูมิอูริเกซึ่งมีชัยเหนือมุสลิมอัลอันดะลุส พระองค์จึงได้รับการยอมรับจากชาวโปรตุเกสในฐานะพระมหากษัตริย์แห่งโปรตุเกส

ในปี พ.ศ. 1686 ราชวงศ์เบอร์กันดีจึงมีอำนาจในโปรตุเกสอย่างเป็นทางการ พระองค์ทรงพยายามนำอาณาจักรเข้าสู่ศาสนจักรคาทอลิกแต่พระสันตปาปาทรงไม่ยอมรับสิทธิของโปรตุเกส จนกระทั่ง พ.ศ. 1722 สมเด็จพระสันตะปาปาอเล็กซานเดอร์ที่ 3 ทรงประกาศให้พระเจ้าอัลฟอนโซเป็นกษัตริย์แห่งโปรตุเกส ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของระบอบกษัตริย์ของโปรตุเกส

จุดสิ้นสุดของราชวงศ์เบอร์กันดีเกิดขึ้นในเดือนตุลาคม พ.ศ. 1926 จากการสวรรคตของสมเด็จพระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 1 แห่งโปรตุเกส เนื่องจากพระโอรสสิ้นพระชนม์แต่ทรงพระเยาว์ ทำให้มีพระธิดาเพียงพระองค์เดียวคือ เจ้าหญิงเบียทริซแห่งโปรตุเกส ซึ่งเป็นพระมเหสีในพระเจ้าจอห์นที่ 1 แห่งคาสตีล เลโอนอร์ เตเลส เดอ เมเนเซส สมเด็จพระราชินีแห่งโปรตุเกส พระมเหสีม่ายของพระเจ้าเฟอร์ดินานด์ต้องดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการแผ่นดินในนามของพระราชธิดาเบียทริซ จากการเรียกร้องสิทธิของพระนางเบียทริซ พระเจ้าจอห์นแห่งคาสตีลทรงเรียกร้องสิทธิให้พระมเหสี โดยทรงหวังว่าทายาทของพระองค์จะได้ปกครองโปรตุเกสและคาสตีลพร้อมกัน และทรงพยายามให้พระนางเบียทริซขึ้นครองราชบัลลังก์โปรตุเกส แต่ทางราชสำนักได้เลือกพระญาติของพระนางขึ้นครองราชย์ จึงทำให้เกิดสงครามกับคาสตีล เรียกช่วงระยะเวลานี้ว่า วิกฤตการณ์พ.ศ. 1926 - 1928